La valoración aduanera sirve como apoyo a los importadores y exportadores para dar cumplimiento a la obligación que tienen de proporcionar a los agentes aduanales que les promuevan el despacho de sus mercancías, la manifestación por escrito y bajo protesta de decir verdad en la que se indiquen los elementos que sirvieron para determinar el valor en aduana de las mercancías. Los importadores tienen la obligación de conservar una copia de la manifestación de referencia. Del mismo modo, los importadores deben obtener y conservar toda la información y documentación necesarias para comprobar que el valor declarado ha sido determinado de conformidad con la Legislación Aduanera.

Esta obligación es igualmente crucial cuando las operaciones de comercio exterior son celebradas entre partes vinculadas, ya que el tema de valoración aduanera puede llegar a tener un punto de conexión y en consecuencia de necesidad de cumplimiento conjunto en el caso de precios de transferencia, casos en los que se sugiere dar cumplimiento simultáneo a ambas obligaciones. En estos casos puede acontecer que si el cumplimiento de ambas obligaciones se efectúa por separado, se podrá dar cumplimiento a las disposiciones sobre valoración aduanera transgrediendo los lineamientos de precios de transferencia, o viceversa.

Otra situación en la que la valoración aduanera resulta indispensable, se presenta en los casos en los que las autoridades aduaneras inician un procedimiento administrativo en materia aduanera en el que la autoridad argumente que existe subvaluación de mercancías. En estos casos el importador debe demostrar que el valor en aduana que declaró ante el fisco federal cumple con todos y cada uno de los requisitos que la Ley Aduanera exige.